三期女职工违反防疫规定，可以解除劳动关系吗？

可以。
法律对于三期女职工的劳动关系有特殊保护，但对于女职工有过错的则不在此列。根据广东省高级人民法院 广东省人力资源和社会保障厅《关于审理涉新冠肺炎疫情劳动人事争议案件若干问题的解答》（粤高法[2020]38号）第11条的规定，劳动者违反政府疫情防控措施拒绝治疗、医学观察、医学检查、隔离，影响用人单位生产经营或者严重违反劳动纪律、用人单位规章制度的，用人单位可根据劳动法第二十五条或者劳动合同法第三十九条规定解除劳动合同。而劳动法及劳动合同法均没有禁止用人单位解除有过错的三期女职工的劳动合同。